Bio informatik dalam perikanan

Tugas Teknologi Informatika mengenai Bio Informatik dalam bidang Perikanan

Ringkasan Artikel Ilmiah

Jurnal : Analisis Bioinformatika Berbasis WEB untuk Eksplorasi Enzim Kitosanase Berdasarkan Kemiripan Sekuens

Bioinformatik merupakakan gabungan disiplin ilmu biologi, ilmu komputer, informatika, matematika, dan disiplin lain yang terkait yang menjadi disiplin tersendiri. Eksplorasi enzim dapat menunjang perkembangan bioinformatik yang ramah lingkungan. Situs yang menyediakan fitur bioinformatik yaitu National Center for Biotechnology Information. Bioinformatik berbasis web digunakan untuk mencari anotasi (penamaan), pemetaan genome, dan analisis sekuen lanjut lainnya yang dijalankan secara online melalui program yang ada pada web secara gratis.

Artikel ilmiah ini membahas enzim kitonase dengan berbasis web yang menggunakan potongan sekuen 16S ribosomal RNA (16S rRNA). Analisis yang dilakukan adalah untuk mencari tau apakah sekuen tersebut telah ada di Gene Bank atau merupakan strain baru khas Indonesia yang belum terpublikasi. Kitosanase adalah sekelompok enzim yang mencerna kitosan tetapi bukan kitin

Analisa yang dilakukan yaitu dengan menggunakan metode BLAST, nukleotida menggunakan database Reference Genomic Sequence dan 16S Microbial. Sekuen Gene Bank yang paling mirip; dicirikan dengan nilai Max Score dan Total Score sama, Query Coverage mendekati 100%, E-value mendekati 0, dan Max Ident mendekati 100%; pada setiap database kemudian diunduh dan dikonstruksi filogeninya dengan CLUSTALW2. Sekuen yang paling dekat dengan sampel merupakan sekuen yang kemiripanya paling tinggi.

Micromonospora sp. L5, Aeromonas veronii B565, Staphylococcus epidermidis ATCC 12228, Burkholderia sp. JV3, dan Acinetobacter baumannii AB307-0294.  Kelima mikroba tersebut dalam Gene Bank memiliki gen penyandi kitinase, yang erat hubungannya dengan kitosanase. Ketidakhadiran gen kitosanase pada setiap genome mikroba yang teridentifikasi dapat menandakan bahwa lima mikroba tersebut adalah bakteri baru yang belum tersekuen gen kitosanasenya. Ketidakhadiran gen kitosanase pada setiap genome mikroba yang teridentifikasi menandakan bahwa lima mikroba tersebut adalah bakteri baru yang belum tersekuen gen kitosanasenya. Dengan menggunakan database lain untuk protein, UNIPROT dari lima mikroba hanya spesies Burkholderia sp. JV3 yang genusnya, Burkholderia, terdaftar sebagai penghasil protein kitosanase. 

jurnal :  Analisis Bioinformatika Berbasis WEB untuk Eksplorasi Enzim Kitosanase Berdasarkan Kemiripan Sekuens